Como responsable absoluta del desarrollo del fútbol en Panamá, la FEPAFUT tiene el compromiso y la responsabilidad de administrar las distintas áreas que componen al fútbol de Panamá, siguiendo estrictamente un código de ética y capacidad que permiten hacer valer y proteger los principios y valores del deporte y nuestra sociedad.

La FEPAFUT está compuesta por los siguientes departamentos: Selecciones Nacionales, Fútbol Profesional, Fútbol Aficionado, Secretaría General, Recursos Humanos, Contabilidad y Finanzas, Desarrollo, Arbitraje, Mercadeo, Prensa y Comunicación, Registros y Estadísticas y Asesoría Legal.